| 全国高等学校野球選手権大会 |
| 年次 | 回数 | 出場校 | 結果 | 勝敗 |
| 大正４年 | １回 | | | |
| 大正５年 | ２回 | | | |
| 大正６年 | ３回 | 長崎中(1)※ | １回戦敗退 | ● 2−8 明星商
● 3−6 杵築中 |
| 大正７年 | ４回 | | | |
| 大正８年 | ５回 | | | |
| 大正９年 | ６回 | | | |
| 大正10年 | ７回 | | | |
| 大正11年 | ８回 | | | |
| 大正12年 | ９回 | | | |
| 大正13年 | 10回 | | | |
| 大正14年 | 11回 | 長崎商(1) | ベスト８ | ◯ 3−1 市岡中
● 2−3 大連商 |
| 大正15年 | 12回 | 長崎商(2) | １回戦敗退 | ● 2−4 鳥取一中 |
| 昭和２年 | 13回 | | | |
| 昭和３年 | 14回 | | | |
| 昭和４年 | 15回 | | | |
| 昭和５年 | 16回 | | | |
| 昭和６年 | 17回 | | | |
| 昭和７年 | 18回 | | | |
| 昭和８年 | 19回 | | | |
| 昭和９年 | 20回 | | | |
| 昭和10年 | 21回 | | | |
| 昭和11年 | 22回 | | | |
| 昭和12年 | 23回 | | | |
| 昭和13年 | 24回 | | | |
| 昭和14年 | 25回 | | | |
| 昭和15年 | 26回 | | | |
| 昭和21年 | 28回 | | | |
| 昭和22年 | 29回 | | | |
| 昭和23年 | 30回 | | | |
| 昭和24年 | 31回 | 長崎東(2) | ２回戦敗退 | ● 4−15 小倉北 |
| 昭和25年 | 32回 | | | |
| 昭和26年 | 33回 | 長崎西(2)
| ２回戦敗退 | ● 4−5 芦屋 |
| 昭和27年 | 34回 | 長崎商(3) | ベスト４ | ◯ 2−0 敦賀
◯ 1−0 日大三(11)
● 0−1 八尾 |
| 昭和28年 | 35回 | | | |
| 昭和29年 | 36回 | 長崎商(4) | １回戦敗退 | ● 1−6 千葉商 |
| 昭和30年 | 37回 | | | |
| 昭和31年 | 38回 | | | |
| 昭和32年 | 39回 | | | |
| 昭和33年 | 40回 | 長崎南山(1) | １回戦敗退 | ● 0−1 東北 |
| 昭和34年 | 41回 | 海星 (1)
| ２回戦敗退 | ● 0−6 平安 |
| 昭和35年 | 42回 | | | |
| 昭和36年 | 43回 | 海星 (2) | １回戦敗退 | ● 0−3 桐蔭 |
| 昭和37年 | 44回 | | | |
| 昭和38年 | 45回 | 海星 (3) | １回戦敗退 | ● 1−7 大宮 |
| 昭和39年 | 46回 | 海星 (4) | １回戦敗退 | ● 2−10 早鞆 |
| 昭和40年 | 47回 | | | |
| 昭和41年 | 48回 | 海星 (5) | １回戦敗退 | ● 5−8 岡山東商 |
| 昭和42年 | 49回 | 海星 (6) | １回戦敗退 | ● 2−4 小倉工 |
| 昭和43年 | 50回 | 海星 (7) | ３回戦敗退 | ◯10−1 新潟商
◯ 3−1 三沢
● 0−4 興南 |
| 昭和44年 | 51回 | 長崎商(5) | ２回戦敗退 | ● 1−2 若狭 |
| 昭和45年 | 52回 | | | |
| 昭和46年 | 53回 | 海星 (8) | ２回戦敗退 | ◯ 4−1 高崎商
● 0−6 桐蔭学園 |
| 昭和47年 | 54回 | 海星 (9) | ２回戦敗退 | ◯ 2−0 海星(三重)
● 1−6 明星 |
| 昭和48年 | 55回 | 海星 (10) | ２回戦敗退 | ● 0−10 静岡 |
| 昭和49年 | 56回 | 佐世保工(1) | ２回戦敗退 | ● 0−3 城西 |
| 昭和50年 | 57回 | 諫早 (1) | ２回戦敗退 | ● 1−4 磐城 |
| 昭和51年 | 58回 | 海星 (11) | ベスト４ | ◯ 2−1 徳島商(10)
◯ 8−0 福井
◯ 1−0 崇徳
◯ 4−2 東北
● 2−3 PL学園 |
| 昭和52年 | 59回 | | | |
| 昭和53年 | 60回 | 佐世保工(2) | ２回戦敗退 | ● 1−6 中京 |
| 昭和54年 | 61回 | 諫早 (2) | １回戦敗退 | ● 1−7 県岐阜商 |
| 昭和55年 | 62回 | 瓊浦 (1)
| １回戦敗退 | ● 0−8 東北 |
| 昭和56年 | 63回 | 長崎西(3) | ２回戦敗退 | ● 0−4 名古屋電気 |
| 昭和57年 | 64回 | 佐世保工(3) | ２回戦敗退 | ◯ 6−1 東海大山形
● 0−3 中京 |
| 昭和58年 | 65回 | 佐世保工(4) | ２回戦敗退 | ◯ 2−0 黒沢尻工
● 0−6 横浜商 |
| 昭和59年 | 66回 | 海星 (12) | ２回戦敗退 | ◯ 5−4 学法石川
● 0−6 桐蔭学園 |
| 昭和60年 | 67回 | 佐世保実(1) | １回戦敗退 | ● 1−5 立教 |
| 昭和61年 | 68回 | 島原中央 | １回戦敗退 | ● 0−3 土浦日大 |
| 昭和62年 | 69回 | 長崎商(6) | ２回戦敗退 | ● 4−5 高岡商 |
| 昭和63年 | 70回 | 小浜 | １回戦敗退 | ● 1−19 常総学院 |
| 平成元年 | 71回 | 海星 (13) | ２回戦敗退 | ● 2−10 海星(三重) |
| 平成２年 | 72回 | 海星 (14) | １回戦敗退 | ● 0−3 日大東北 |
| 平成３年 | 73回 | 瓊浦 (2) | ２回戦敗退 | ● 5−6 市川 |
| 平成４年 | 74回 | 佐世保実(2) | ３回戦敗退 | ◯ 4−3 常総学院(11)
● 0−2 拓大紅陵 |
| 平成５年 | 75回 | 長崎日大(1) | ２回戦敗退 | ◯ 3−2 松商学園(12)
● 1−4 小林西 |
| 平成６年 | 76回 | 長崎北陽台 | ベスト８ | ◯ 2−0 関東一
◯ 4−1 宿毛
◯ 3−2 中越
● 5−14 樟南 |
| 平成７年 | 77回 | 長崎日大(2) | １回戦敗退 | ● 2−4 佐久長聖 |
| 平成８年 | 78回 | 波佐見(1) | ベスト８ | ◯ 4−2 秋田経法大付
◯ 8−5 宇都宮南
● 6−7 熊本工 |
| 平成９年 | 79回 | 長崎南山(2) | １回戦敗退 | ● 4−6 豊田大谷(12) |
| 平成10年 | 80回 | 長崎日大(3) | ２回戦敗退 | ● 1−4 帝京 |
| 平成11年 | 81回 | 長崎日大(4) | ３回戦敗退 | ◯ 5−0 日大三
◯ 6−5 明徳義塾(11)
● 2−3 滝川二 |
| 平成12年 | 82回 | 長崎日大(5) | ベスト８ | ◯ 5−3 富山商
◯ 3−1 酒田南
◯ 6−2 徳島商
● 7−8 育英 |
| 平成13年 | 83回 | 波佐見(2) | １回戦敗退 | ● 1−4 佐野日大 |
| 平成14年 | 84回 | 海星 (15) | ２回戦敗退 | ◯ 8−1 日本文理
● 0−3 智弁学園 |
| 平成15年 | 85回 | 長崎日大(6) | １回戦敗退 | ● 4−5 静岡 |
| 平成16年 | 86回 | 佐世保実(3) | ２回戦敗退 | ● 3−7 駒大苫小牧 |
| 平成17年 | 87回 | 清峰 (1) | ３回戦敗退 | ◯ 4−2 愛工大名電(13)
◯ 9−4 済美
● 1−4 大阪桐蔭 |
| 平成18年 | 88回 | 清峰 (2) | ２回戦敗退 | ◯22−3 光南
● 6−7 福井商
|
| 平成19年 | 89回 | 長崎日大(7) | ベスト４ | ◯ 3−1 星稜
◯ 5−4 京都外大西
◯ 7−1 楊志館
● 0−3 佐賀北 |
| 平成20年 | 90回 | 清峰 (3) | ２回戦敗退 | ○11−3 白鴎大足利
● 4−5 東邦 |
| 平成21年 | 91回
| 長崎日大(8) | １回戦敗退 | ● 5−8 花巻東 |
| 平成22年 | 92回 | 長崎日大(9) | ２回戦敗退 | ◯ 4−2 北照
● 2−3 佐賀学園 |
| 平成23年 | 93回 | 海星 (16) | ２回戦敗退 | ● 0−4 東洋大姫路 |
| 平成24年 | 94回 | 佐世保実(4) | ２回戦敗退 | ◯ 5−3 札幌一
● 7−12 宇部鴻城 |
| 平成25年 | 95回 | 佐世保実(5) | １回戦敗退 | ● 0−1 樟南 |
| 平成26年 | 96回 | 海星 (17) | ２回戦敗退 | ● 5−7 二松学舎大付 |
| 平成27年 | 97回 | 創成館 | ２回戦敗退 | ◯ 3−2 天理
● 3−8 健大高崎 |
